醉仙鸭的存放与保鲜是一种富含蛋白质的食物，如果是在夏季，通常在6小时内不能使用，迅速增殖的葡萄球菌就不再适合使用。冬天的贮藏时间大约是两天，但是一定要把肉再加热，确保肉的味道好闻。
醉仙鸭冷藏后，尽量第二天再吃，这样可以保证烤鸭的新鲜度，冷藏时间长了，烤鸭的味道会不一样，肉质会有一些柴火的感觉。如果你不喜欢烤鸭过夜的味道，你可以在烤鸭皮上倒些热油，这样可以增加一些酥脆感。真空包装后的醉仙鸭贮存周期大多为1-3个月，且口味不会有太大变化。你也可以把醉仙鸭片切成小块，然后把鸭肉放入锅里翻炒，这样就可以把醉仙鸭的酥脆口感带出来，香味自然诱人。
如果是在北方的大冬天里，空气低至摄氏几度或是摄氏0度，烧鸭怎么保存过夜？那就可以在常温下保存了。过夜烧鸭用薄膜袋包裹好，放在冰箱里冷藏。在烧鸭需要冷藏保管时，必须待到烧鸭把全身的热气散掉时，再放进冰箱。在冰箱里保存的烧鸭，在第二天还要放进烧炉中回炉烧制，使得鸭皮回复酥脆的效果。所以，脆皮烧鸭选择颜色淡一些的放进冰箱内保存起来。
注意的是：刚出锅的醉仙鸭是脆皮的，放入保鲜柜保存是稳妥的方法，虽然可以保证醉仙鸭的鲜嫩度，不过酥脆的口感会有所下降，因此尽量避免醉仙鸭剩余。
